Adapun etiologi terjadinya obstruksi duktus nasolakrimal kongenital umumnya adalah obstruksi katup Hasner pada ujung distal duktus. Biasanya disertai kelainan lain diakibatkan kelainan genetik, prematuritas, ataupun akibat obat yang dikonsumsi ibu selama kehamilan. Didapatkan pula abnormalitas mata pada 20% penderita, dan abnormalitas sitemik pada 25% penderita dengan kelianan duktus nasolakrimal kongenital. Sedangkan stenosis duktus dapat menjadi penyebab sekunder obstrusi duktus nasolakrimal. Disgenesis aliran airmata bawaan/kongenital terjadi akibat kelainan letak punctum dan kanalikulus. 

Mukokel sakus lakrimal kongenital atau dakriosistokel muncul setelah terbentuk kista diujung distal duktus, dimana pada saat lahir sakus ini terisi oleh cairan amnion jernih dan akan berubah menjadi purulen seiring bertambahnya usia dan muncullah dakriosistitis neonatus.Etiologi obstruksi duktus nasolakrimal didapat adalah setelah terjadi trauma, konjungtivitis viral, dakriosistitis akut, dan penggunaan terapi antivirus topikal.